نخستین مرحله در تفسیر موضوعی، انتخاب موضوع یا مسئله است. دربارة ویژگی ها ی موضوع و منبع انتخاب آن، برخی قرآن پژوهان بر منبع خاص یا ویژگی های معینی تأکید کرده اند.
